امارت اسلامی گزارش وزارت خارجه امریکا مبنی بر نقض حقوق اقلیت‌های مذهبی در افغانستان را رد کرده است.
حمدالله فطرت معاون سخن‌گوی امارت اسلامی گفته است که حکومت سرپرست متعهد به تامین حقوق تمامی اقلیت‌ها در کشور است.
آقای فطرت گفت: «امارت اسلامی در مناطق دوردست کشور تسلط دارد و به قوم‌های که اقلیت حساب می‌شوند و باشنده همان مناطق هستند، توجه ویژه شده تا به آنان خدمات ارایه شود.»
پیش از این وزارت خارجه امریکا در گزارش سالانه خود تحت عنوان "آزادی مذهبی بین‌المللی" ادعا کرده است که نقض حقوق اقلیت‌های مذهبی در سال پار میلادی در افغانستان افزایش داشت.
در بخشی از گزارش سالانه وزارت خارجه امریکا گفته شده است: «با وجود پیشرفت‌ها در دو دهه گذشته، اقلیت‌ها در افغانستان هرگز از حمایت کامل حقوق بشری خود بهره‌مند نبوده‌اند و عین مسله با اقلیت‌های مذهبی بوده است.»
در بخشی دیگر از این گزارش هم‌چنان آمده است که حکومت سرپرست افغانستان در سال گذشته از مکان‌های مذهبی اقلیت‌ها در افغانستان حفاظت نکرده است. در این گزارش به نقل از سازمان‌های مدافع حقوق بشر و قربانیان حمله‌های هدف‌مند بر اقلیت‌های مذهبی به کاهش جمعیت شهروندان اهل سیک و هنود در کشور پس روی‌کار آمدن دوباره امارت اسلامی نیر اشاره شده است.
گزارش سالانه وزارت خارجه امریکا افزوده است: «در ۱۸ جنوری، نماینده‌های جامعه سیکها و اهل هنود به رسانه‌های محلی در کابل گفتند که پس از تسلط طالبان، بیش از ۹۰۰ شهروند سیک و هندو کشور را ترک کرده‌‌اند و تنها تعداد کمی از آن‌ها باقی ماندند.»
ذکی‌الله محمدی استاد دانش‌گاه به طلوع‌نیوز گفت: «امارت اسلامی به حیث یک حکومت مسوول باید آزادی مذهب به مردم بدهد. اصل اسلام است و مذاهب روش است.»
حسیب‌الله حنفی عالم دین می‌گوید: «در قرآن عظیم آمده است که ای مسلمانان؛ شما در مسله‌ی دین بر کسی اکراه نکنید؛ اگر سک است، یهودی و یا نصرانی است. نظام اسلامی مکلف است که معتقدات آنان را حفظ کند.»
بر بنیاد این گزارش، مقام‌های امریکایی در دیدارهای خود با امارت اسلامی نگرانی‌های خود را در مورد حقوق بشر و آزادی مذهبی شریک ساخته‌اند.