مسؤولان کمیتۀ نظارت و ارزیابی مبارزه با فساد، با نگرانی از مشکلات بیش ازحد در وزارت مالیه، به‌ویژه در گمرک‌ها، می‌گویند که نبود اصلاحات در وزارت مالیه به سردرگمی‌های کنونی در گمرک‌ها پیوند دارند.
آنان می‌گویند که مداخله زورمندان از یک‌سو و نبود سیستم‌های نظارتی از درآمدهای ملی از سوی دیگر، زمینه‌ها را برای فساد گسترده در وزارت مالیه فراهم ساخته‌اند.
میوند روحانی، رییس دارالانشاء کمیتۀ مشترک نظارت و ارزیابی مبارزه با فساد اداری گفت: «وجود کمیشن کاران و مدیریت ضعیف زمینه را برای فساد فراهم کرده‌است. مداخله زورمندان در امور وزارت مالیه باعث شده که در گمرک‌ها عواید به‌گونۀ درست گردآوری نشود.»
شمروزخان مسجدی، سخن‌گوی وزارت مالیه اما بر اصلاحات در این وزارت تأکید دارد و می‌گوید که در این بخش کارها آغازشده‌اند: «در بخش مالیات هم ما [اصلاحات] را شروع کرده‌ایم. در سطح وزارت بست‌ها را در رقابت گذاشته‌ایم تا افراد سالم گماشته شوند... به اصلاحات این‌گونه دید داریم که اصلاحات هیچ وقت متوقف نمی‌شود.»
همزمان با نشر گزارش‌ها از افزایش بی‌پیشینۀ فساد اداری و بی بندوباری‌ها در گمرک‌های کشور، اتاق تجارت و سرمایه‌گذاری می‌گویند که اوضاع کنونی در گمرک‌ها و حیف‌ومیل درآمدها به اقتصاد کشور بسیار زیانبار خواهند بود.
یونس مهمند، معاون تجارتی اتاق تجارت و سرمایه‌گذاری گفت: «در هژده سال گذشته حکومت موفق نشده که برای گردآوری عواید حتا در یک گمرک اسکنر نصب کند... عدم وجود سکنر، عامل اصلی فساد است.»
این در حالی است که اخیرأ ۶۸ تن از کارمندان وزارت مالیه از سوی رییس‌جمهور ممنوع‌الخروج اعلام شدند. در پی این تصمیم ریاست‌جمهوری، نامه‌یی دیگری از سوی ریاست جمهوری نشر شد که سفرهای رسمی کارمندان وزارت مالیه – تا بست پنجم – به اجازۀ ریاست‌جمهوری مشروط شد.
هرچند علت اصلی این محدودیت‌ها بر وزارت مالیه روشن نیستند، اما منابع می‌گویند که نگرانی‌ها از وجود فساد و گماشتن افراد بربنیاد روابط در این وزارت علت این محدودیت‌ها استند.
کمیسیون مستقل اصلاحات اداری و خدمات ملکی، می‌گوید که بسیاری از بست‌های وزارت مالیه در نبود رقابت آزاد، به افراد واگذار شده‌اند.