جداسازی بخش‌های گمرک‌ها، عواید و بودجه از وزارت مالیه بربنیاد تصمیم رییس‌جمهور واکنش‌هایی را به بار آورده‌است.
شماری از اعضای مجلس نماینده‌گان، تقسیم وزارت مالیه را بهانه برای گریز بخش‌های درآمدزا از پاسخ‌دهی به مجلس و تقسیم درآمدها می‌دانند.
آنان می‌گویند که با این کار، اداره‌های گمرک‌ها، عواید و بودجه در ارگ ریاست‌جمهوری و ادارۀ امور فعالیت خواهند کرد و به هیچ‌کس حسابدهی نخواهد بود.
زلمی نوری، عضو کمیسیون مالی و بودجه مجلس نماینده‌گان در این باره گفت: «این، در اصل خلاف قانون است. و این، یک نوع فرار از عدم پاسخ‌گویی به خانۀ ملت است و یک نوع انحصار حکومت نشان می‌دهد که حکومت می‌خواهند که پارلمان را سلب صلاحیت کند.»
فریده حمیدی، عضو دیگر مجلس نماینده‌گان نیز بیان داشت: «پارلمان افغانستان هیچ وقت اجازۀ این کار را نخواهد داد.»
در همین حال، انوارالحق احدی، وزیر پیشین مالیه جداسازی این سه بخش را از وزارت مالیه، غیرمنطقی می‌داند و می‌گوید که تجزیۀ وزارت مالیه نه تنها برای حل مشکلات مالی کشور کمک نخواهد کرد، بل مشکلات بیشتری را به بار خواهد آورد: «منطقی که دربارۀ وزارت مالیه است که باید تجزیه شود، پس باید دربارۀ وزارت دفاع، معارف و دیگر وزارت‌ها نیز چنین باشد که همه این‌ها تجزیه و به ارگ انتقال یابند. اما من در این مورد کدام منطق قوی نمی‌بینم.»
پیش از این، انستیتیوت صلح ایالات متحده امریکا نیز در این باره واکنش نشان داده بود گفته بود که این کار بی دست و پا سازی وزارت مالیه است. این انستیتیوت گفته‌است که جداسازی بخش‌های گمرک‌ها، عواید و بودجه را از ساختار وزارتی که سالانه مدیریت پنج میلیارد دالر را برعهده دارد، پیامدهای بدی خواهد داشت.
این نهاد، تأکید کرده‌است که کمک کننده‌گان به افغانستان، باید بر رییس‌جمهور غنی فشار آورند فرمانش را در این باره لغو کند.
در همین حال، الیس ویلز، معاون وزارت خارجه امریکا در امور آسیای جنوبی و مرکزی، در واکنش به گزارش انستیتیوت صلح ایالات متحده، انتقال صلاحیت‌های وزارت مالیه به ریاست‌جمهوری افغانستان را نگران کننده خوانده‌است.