ایجاد واحدهای بودجه‌یی جدید در پیش‌نویس سوم بودجه سال مالی ۱۴۰۰، یکی از اختلاف‌های بزرگ میان حکومت و مجلس نماینده‌گان است.
کمیسیون مالی و بودجۀ مجلس نماینده‌گان می‌گوید حکومت با آن‌که واحد عملیاتی ریاست‌جمهوری را از پیش‌نویس سوم بودجه بیرون کرده، اما شورای عالی صالحه ملی با بودجه ۷۶۶ میلیون افغانی و ادارۀ تنظیم نفت و گاز با ۱۵میلیون افغانی تأیید مجلس نماینده‌گان را ندارند.
محمد عظیم کبرزانی، دبیرکمیسیون مالی و بودجه مجلس نماینده‌گان بیان داشت: «ایجاد هر واحد اداری از صلاحیت‌های شورا ملی افغانستان به خصوص ولسی جرگه است.»
دبیرکمیسیون مالی و بودجه مجلس می‌گوید که ادارۀ ملی امتحانات با ۲۱۵میلیون افغانی و کمیسیون دسترسی به اطلاعات با ۱۲۳میلیون افغانی از جمله واحدهای بودجه‌یی دیگری اند که چگونگی کارهای آن‌ها به مجلس روشن نیست.
عبدالعزیز حکیمی، نمایندۀ مردم پروان در مجلس گفت: «تا وقتی‌که آن واحدهای بودجه‌یی رسمی نشوند و مشروعیت اساسی را نداشته باشند رأی نمی‌گیرند.»
عبدالستار حیسنی، نمایندۀ مردم فراه در مجلس نیز اظهار داشت: «بررسی می‌کنیم آن چیزیی که خلاف قانون باشد و به نفع نظام نباشد او از طرف ما رد است.»
به‌همین ترتیب، وزارت فواید عامه، ترانسپورت، ادارۀ مستقل هوانوردی ملی و ادارۀ خط آهن که با هم مدغم شده بودند اکنون هرکدام همچون واحد بودجه‌یی مستقل در پیش‌نویس سوم بودجه، جا داده شده‌اند.
فریده بیکزاده، نمایندۀ مردم بادغیس در مجلس تصریح کرد: «ما می‌خواهیم که از این بیشتر تغییرات بیاید تا خواست‌های ما و مردم ما برآورده شود.»
در حالی‌که حکومت، وزارت انرژی و آب را به ادارات مستقل تنظیم امور آب و انرژی تقسیم کرده‌است اما مجلس نماینده‌گان بودجه این نهادها را نیز بنام وزارت انرژی و آب زیر کار دارد.