در حالی که معاون دوم رییس‌جمهور تایید می‌کند که پروندۀ نظام الدین قیصاری در لوی سارنوالی افغانستان است ، اما لوی سارنوالی می‌گوید که آقای قیصاری در این نهاد هیچ پرونده‌یی ندارد.
ازسوی دیگر منابعی می‌گویند که پروندۀ اتهام‌های نقض حقوق بشر و جرایم جنگی نظام الدین قیصاری در ریاست امنیت ملی است، اما دیدگاه این نهاد را دراین باره به دست آورده نتوانستیم.
نیروهای دولتی اززمین وهوا برای بیش ازبیست ساعت درماه قوس سال گذشته برای بازداشت نظام الدین قیصاری درمزاشریف عملیات کردند وهشت تن دراین عملیات کشته شدند.
درحالی که حکومت قیصاری را متهم فراری می دانست اما او نه تنها که او زیرپیگرد قرار نگرفت بل به تازه‌گی درمراسم رسمی معرفی فرمانده تازه قول اردوی دوصدو نه شاهین حضور یافت.
با این هم سومین مقام حکومت تایید می کند که وی پرونده دارد و پرونده اش بررسی خواهد شد.
محمد سرور دانش، معاون دوم رییس جمهور گفت:«تمام پرونده های که است در اختیارسارنوالی افغانستان است سارنوالی افغانستان به صورت مستقل تصمیم می گیرد تا جایی که من اطلاع دارم هیچ پرونده یی با هدایت کدام مقامی حفظ نشده است.»
اما لوی سارنوالی می‌گوید که پرونده نظام الدین قیصاری در این نهاد نیست . منابعی می‌گویند که ریاست امنیت ملی پرونده نظام الدین قیصاری را حفظ کرده است، اما این نهاد حاضر نیست هیچ اطلاعاتی در این باره به دست بدهد.
آرش شهیر پور، حقوق داد گفت:«پرونده های جرمی د رافغانستان سیاسی زده می شوند و این سیاسی زده‌گی ما را از عدالت جزایی سنتی فاصله میدهد و امید مردم از دادگاه‌ها کم شده مردم چشم شان را به سیاسیون می دوزند.»
پارسال پولیس اعلام کرد که نظام الدین قیصاری را به حکم نهادهای عدلی و قضایی به اتهام زورگویی و داشتن افراد مسلح غیر مسوول می خواستند بازداشت نمایند.
حسن پکتیا وال، عضو مجلس نماینده‌گان در این باره گفت:«دولت افغانستان د راین اواخر نشان داده با معرف کردن یک تعداد یک تعداد مقام های دولتی سیاسی برخورد کرده امید وار استیم که این بار نهاد های عدلی و قضایی پرونده های اشخاص را درست بررسی کنند.»
کرام الدین رضا زاده، عضو دیگر مجلس نماینده‌گان گفت:«کسانی که مرتکب جرم می شوند و عمل شان ثابت است و احکام قانون باید بالای شا به گونه یکسان عملی شود.»
نظام الدین قیصاری فرمانده پیشین ولسوالی قیصار فاریاب دو سال پیش از سوی امنیت ملی به اتهام نقض حقوق بشر از فاریاب بازداشت شد و پس از ان که شش ماه را در بند امنیت ملی بود، بی آن که محاکمه شود و یا جزییاتی در بارۀ پرونده اش به مردم داده شود، رها گردید.