مرکز عملیاتی کمیسیون مستقل انتخابات، یگانه منبع ارتباط میان کمیسیون مستقل انتخابات و مرکزهای رأی‌دهی در سراسر کشور است.
اما این مرکز، در روز برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری با چالش‌هایی روبه‌رو بود؛ این مرکز تا نیمۀ روز شنبه (۶میزان) به علت غیرفعال بودن شبکه‌های انترنتی و مخابراتی در شماری از ولایت‌ها، با بیش از هشت صد مرکز رأی‌دهی در ارتباط نبود.
خیبرسعیدی، رییس امورعملیاتی کمیسیون مستقل انتخابات گفت: «تدابیر گرفته بودیم. نظر به بعضی مشکلات تخنیکی نتوانستیم که تلفن‌های «ثریا» را به در زمان معین به ولایت‌ها بفرستیم.»
شماری از نهادهای ناظر انتخابات، می‌گویند که با وجود که کمیسیون مستقل انتخابات بودجۀ کافی دارد، اما سیستم مرکز عملیات این نهاد معیاری و به‌روز نیست.
حبیب‌الله شینواری، مدیر برنامه‌های دیده‌بان انتخابات شفاف افغانستان بیان داشت: «یک دیتابیس باید باشد..... و حکومت افغانستان هم باید تا اندازۀ زیاد کمک می‌کرد کمیسیون انتخابات را.»
انتخابات ریاست‌جمهوری، روز شنبه (۶ میزان) در افغانستان برگزار شد. برگزای این انتخابات با چالش‌هایی روبه‌رو بود.
طلوع‌نیوز هزاران پیام را که دربرگیرندۀ شکایت از مشکلات در فهرست رأی‌دهنده‌گان و دستگاه‌های شناخت بایومتریک استند، دریافت کرده‌است.