در توافق‌نامه سیاسی ارگ و سپیدار، شورای عالی مصالحه ملی همچون یک واحد بودجه‌یی مستقل شناخته شده‌است که صلاحیت کامل هزینه نمودن بودجه آن به رییس این شورا واگذار شده‌است.
اما تا هنوز بودجه مشخصی به این شورا اختصاص داده نشده‌است و روشن نیست با چه امکانات بودجه‌یی این نهاد کارهایش را عملا آغاز کرده‌است.
بربنیاد توافق‌نامه سیاسی، شورای عالی مصالحه ملی افزون بر تمویل از سوی حکومت افغانستان، می‌تواند کمک‌های بودجه‌یی از مراجع بین‌المللی نیز دریافت کند.
وزارت مالیه می‌گوید تا هنگامی که شورای مصالحه ملی همچون یک واحد بودجه‌یی از سوی شورای ملی تصویب می‌شود، هزینه‌های آن از کدهای احتیاط بودجه پرداخته خواهد شد.
شمروزخان مسجدی، سخن‌گوی وزارت مالیه گفت: «اینجاد واحد مستقل بودجوی بر اساس قانون تصویب پارلمان را نیاز دارد بنابر این قبل از اینکه پارلمان ایجاد واحد بودجوی را انجام بدهد برای شان بودجه منحیت واحد بودجوی داده نمی‌شود ولی نیازمندی‌های شان از طریق کد احتیاط می‌شود برآورده شود.»
قیس محمدی، آگاه امور اقتصادی نیز افزود: «مشخص است که برای پیشبرد امور صلح کمک‌های بسیار زیاد از طریق جامعه بین‌المللی به افغانستان سرازیر خواهد شد ولی چیزی که مهم است این که است که شورای عالی مصالحه ملی چگونه این پول را جمع آوری و به مصرف می‌رساند.»
سخن‌گویان عبدالله عبدالله درباره منابع تمویل شورای عالی مصالحه ملی در حال حاضر، جزییاتی به دست نمی‌دهند.
در دوره حکومت وحدت ملی ریاست اجراییه سالانه در حدود هشتصد میلیون افغانی بودجه داشت و صلاحیت هزینه نمودن سی درصد از بودجه کد ۹۱ نیز به رییس اجراییه داده شده بود.